
Je nejvýznamnějším náboženským střediskem na Bali. Toto posvátné místo pod horou Gunung Agung bylo uctíváno ještě před tím, než na ostrov přišel hinduismus. Původní obyvatelé byli animisté a uctívali posvátné hory, řeky, stromy či skály. Sopka, pod kterou je chrám postaven, byla takovým místem uctívání. V severní části chrámového komplexu stojí nejstarší chrám Pura Batu Madeg (chrám stojícího kamene), kde nejposvátnější část tvoří kámen - pozůstatek animismu, ke kterému se věřící modlí.
Samotný chrámový komplex Besakih byl založen jávským knězem Mpu Markandeyou, který na Bali přišel v 8. století.
Již Markandeya si uvědomoval sílu původního animismu a významu posvátné hory. Jeho první výprava se skupinou věřících z východní Jávy nebyla úspěšná a během ní zemřelo více než 800 Markandeyových stoupenců. Jeho druhá výprava byla úspěšnější. Říká se, že je to díky náboženskému obřadu, který věřící vykonali u sopky Gunung Agung. Šlo o obřad známý pod jménem „Panca Datu“, zakopání pěti kovů (zlato, stříbro, bronz, železo a měď), které jsou uloženy v základech centrální svatyně chrámu. Poprvé se tento obřad provedl při stavbě chrámu „Pura Puseh Basukian“. Název tohoto chrámu souvisí s původem osadníků. Jejich původní vesnice z Jávy se nazývá Basuki a proto se také jejich první chrám nazývá Pura Puseh Basukian.
Později se právě na Besakih stal Markandeyův syn prvním nejvyšším knězem chrámu. Postupně se z tohoto chrámu stalo místem, kde přicházelo stále více věřících. Začali si zde postupně stavět své rodinné, klanové, kastovní i řemeslné chrámy. V tomto komplexu se nachází více než 33 chrámů a dodnes se jejich počet rozšiřuje.
V roce 1917 došlo na ostrově k zemětřesení, které výrazně poškodilo i komplex chrámů. Začalo se s opravou většiny svatyní a v roce 1932 byla vybudována i cesta k chrámu. K výraznému poškození došlo mnoha chrámů došlo v roce 1963, kdy vybuchla sopka Gunung Agung. Balijci začali znovu rekonstruovat a výsledkem je dnes mnoho nových ale i starých chrámů. Tento chrámový komplex je živým chrámem kam přichází mnoho věřících a denně je k vidění mnoho náboženských obřadů.